W celu wykrycia i oznaczenia intensywności występowania poszczególnych biomarkerow nowotworowych technologia Profilowania Molekularnego wykorzystuje najnowocześniejsze techniki biologii molekularnej:

PCR – Polymerase Chain Reaction

PCR jest metoda namnażania kopii określonego odcinka DNA pozyskanego z próbki (biopsji) tkanki guza nowotworowego. Takie namnożone laboratoryjne fragmenty DNA nazywane są ampliconami. Dzięki metodzie PCR namnożone amplicony posiadają identyczna sekwencje nukleotydów jak wyjściowy odcinek DNA i służą jako materiał wyjściowy do procesów sekwencjonowania (ustalania kolejności) nukleotydów w lampionie a co za tym idzie w próbce wyjściowej.

NGS – Next Generation Sequencing

NGS jest metodą sekwencjonowania nukleotydowej namnożonych ampliconow. Ustalenie sekwencji nukleotydów jest niezbędne do ustalenia czy w danym odcinku DNA występuje błąd – mutacja. Sekwencja nukleotydów ampliconu uzyskana dzięki metodzie NGS jest porównywana ze znana, prawidłowa sekwencja dla danego odcina DNA i na tej podstawie określane jest występowanie, zakres oraz silą ewentualnej mutacji.

IHC – Immunohistochemistry staining

IHC jest metodą barwienia komórek pobranych z tkanki guza. Barwienie polega na wystawieniu komórek na działanie przeciwciał łączących się z poszczególnymi typami białek, które są znane jako markery nowotworowe. Komórki wystawione na działanie przeciwciał poddaje sie następnie specyficznemu barwieniu. Dzięki temu, w następującym obrazowaniu mikroskopowym, przeciwciała połączone z markerami dają barwę o określonym kolorze i intensywności. Analiza tych czynników przez histopatologa daje odpowiedz na pytanie jakie białkowe markery nowotworowe występują w danej tkance i jaka jest intensywność ich występowania.

FISH/SISH – Fluorescent (Chromogenic) In Situ Hybridisation

Metoda FISH (CISH) polega na badaniu umiejscowienia poszczególnych genów (odcinków DNA) w obrębie chromosomu. Metodami tymi można określić ilość kopii danego genu oraz jego położenie w obrębie chromosomu. Badanie przeprowadza się przez poddanie próbki tkanki nowotworowej działaniu specyficznych sond molekularnych łączących się z poszczególnymi sekwencjami DNA w obrębie danego genu. Sondy są połączone z barwnikiem umożliwiającym w obrazie mikroskopowym określenie położenia (hybrydyzacji) sondy w obrębie chromosomu. Pozycja, stan oraz liczba kopii danego genu w chromosomie jest ważnym czynnikiem uzupełniającym profil molekularny danego typu nowotworu.